在马德里商标国际注册申请中，日本单独规费的收费方式是申请费和注册费分两次收取；在新申请或后期指定中指定日本的，申请人缴纳申请费226瑞士法郎；日本特许厅审查核准后，通知申请人缴纳注册费754瑞士法郎。

日本的申请费，申请人可以直接向国际局缴纳，也可以通过我局转交。日本的注册费，根据国际局的通知，申请人或代理人可以通过以下四种方式之一直接向国际局缴纳：

1、瑞士法郎支票支付；

2、转帐至国际局在日内瓦瑞士信用银行的帐户，账号：487080－81；

3、转帐至国际局在日内瓦的邮政账户，账号：12－5000 －8；

4、从在国际局开立的有效账户上划款。

缴费时必须指明该款项用于商标国际注册（标明国际注册号）的日本二期单独规费，并提供国际局缴费通知上的编号。

申请人或代理人应及时在缴费期限内办理缴费事宜，以便获得在日本的注册商标权利。